Елена Воробьева родилась 1 сентября 1967 года в городе Екатеринбург. В 1989 году с отличием окончила Уральский государственный университет имени А.М. Горького, по специальности «Русский язык и литература».
После обучения в ВУЗе Елена Викторовна преподавала русский язык и литературу в школе № 19 города Екатеринбург. Занимала должность учителя русского языка в школе № 89 Западной Группы Войск в Германии. Преподавала в специализированном учебно-научном центре Уральского государственного университета имени А.М. Горького, была учителем средней общеобразовательной школы № 96 города Краснодар.
В 1997 году стала победителем конкурса «Учитель года Кубани».
С 2001 по 2003 год занимала должность заведующей информационно-методическим кабинетом отдела образования Прикубанского административного округа города Краснодар.
В 2002 году прошла профессиональную переподготовку в Межотраслевом региональном центре повышения квалификации и переподготовки кадров при Кубанском государственном университете по программе «Менеджмент».
С 2003 по 2009 год Елена Викторовна занимала должность проректора по организационно-методической и научной работе Краснодарского краевого института дополнительного профессионального педагогического образования.
С 2009 по 2015 год Елена Воробьева возглавляла управление общего и дошкольного образования министерства образования и науки Краснодарского края.
Воробьева Елена Викторовна в 2015 году назначена заместителем министра образования, науки и молодежной политики Краснодарского края.
Распоряжением губернатора Вениамина Кондратьева от 15 августа 2018 года Елена Воробьева назначена руководителем министерства образования, науки и молодежной политики Краснодарского края.
Замужем, воспитывает дочь.
В 1997 году Елена Викторовна награждена нагрудным знаком «Учитель года». В 2002 году удостоена почетного звания «Заслуженный учитель Кубани». Отмечена Почетной грамотой министерства образования и науки Российской Федерации.